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NEWS! Download gratuito: => Link <= TI na Bioinformática: implantação e manutenção de infraestrutura de BioTI – o caso do LBB. |
O BioTI pode ser entendido como a utilização da Tecnologia da Informação para suportar demandas da biologia, e no nosso caso, visando suporte à bioinformática. É TI, mas como a demanda de infraestrutura de hardware e software é diferente das tradicionais, chamar de BioTI facilita o entendimento.
Diferente como? Na bioinformática são realizadas análises com grande demanda por processamento (como comparações por Blast), e "blastar" milhares de sequências contra bancos de dados ainda maiores demanda muito tempo, ou muitos núcleos de processamento. Outras atividades, como a montagem de grandes genomas de plantas, demandam, além de processamento, muita memória. Em resumo, são necessários servidores de alto desempenho, normalmente com Linux.
Outro aspecto são os diversos softwares sendo desenvolvidos ao redor do mundo, em diferentes lugares, com diferentes linguagens e normalmente pouca documentação e ainda alguns bugs. Instalação, atualização e manutenção destes softwares, suas dependências e compatibilidades é um processo quase constante.
A disponibilização dos resultados intermediários dos projetos de pesquisa para os integrantes dos projetos também não podem ser realizadas por estruturas normais de TI, já que a quantidade de informação é alta, e mais uma vez, softwares específicos são necessários (como Jbrowse, para visualizar genomas, suas estruturas e informações adicionais).
Para finalizar, sem esgotar o assunto, análises de arquivos texto que chegam às dezenas de Gigas demandam otimização de scripts e softwares, que podem envolver desde a paralelização de análises até a otimizações de algoritmos, e a utilização de linguagens de programação mais eficientes (por. ex., substituindo script em Python por script em C++).
Em resumo, BioTI é quem mantém uma Infraestrutura de hardware e software adequada para Bioinformática, atualizada, segura em termos de controle de acesso e de backup, ao mesmo tempo em que permite análises de bioinformática de alto desempenho atualizadas e eficientes.