Bioinformática na prática III - análises genômicas, programação para bioinformática e desenvolvimento mobile.
Responsável/Organizador: Eduardo Fernandes Formighieri, Pesquisador (LBB - Laboratório de Bioinformática em Bioenergia, Embrapa Agroenergia).
Local: Sala de Treinamento, Embrapa Agroenergia
Objetivo: Capacitar alunos em diversas análises de bioinformática e em princípios de programação.
Apresentações e Materiais utilizados: Clique aqui
Resumo público:
O curso "Bioinformática na prática III" consiste em módulos teóricos e práticos, e tratará de diversos tipos de análises de bioinformática e de programação. Como bônus, este ano teremos uma aula de desenvolvimento de aplicativos para Mobile.
O 'Módulo I - Introdução à Bioinformática' trará conceitos básicos de genômica e algumas das principais ferramentas de bioinformática utilizadas no dia-a-dia, como Buscas nas principais bases de dados biológicos, NCBI BLAST, Clustal Omega e Primer3. Será ministrado pelo Pesquisador Eduardo Formighieri.
O 'Módulo II - Filogenia molecular' será desenvolvido com o propósito de guiar o estudante na descoberta inicial de diferentes ferramentas, reflexão e senso crítico a respeito das virtudes e limitações que os métodos filogenéticos apresentam, e suas aplicações. Será ministrado pela Post-doc Thaís Santiago.
No 'Módulo III - Programação Python', o consultor Marcelo Soares apresentará conceitos básicos de Programação voltados a atividades de bioinformática, utilizando a linguagem de programação Python juntamente com o conjunto de ferramentas BioPython.
No 'Módulo IV - Programação Mobile' , o Analista de sistemas Paulo Khouri apresentará conceitos básicos de programação para desenvolvimento de aplicativos para Android, e um pouco da sua experiência como desenvolvedor.
No 'Módulo V - QC e Montagem', a Dra. Brenda Porto apresentará diferentes formas de realizar Controle de Qualidade de sequências NGS, e ainda tratará do processo de montagem de genomas, incluindo a montagem de organelas e do genoma nuclear.
O 'Módulo VI - Anotação' será apresentado pelo consultor Andrei Steindorf, e abrangerá a utilização do pipeline maker na anotação estrutural e funcional de genomas, incluindo mascaramento de repetições, treinamento de preditores, e construção de bancos de dados para suporte de homologia. Ainda a integração das anotações genômicas via interface gráfica - Jbrowse.
Para finalizar, teremos mais algumas horas de prática livre, para que possam ser tiradas dúvidas específicas e até avaliados casos pessoais.
Programação:
05/12/2016: 8-12h - Módulo I
13-17h - Módulo I
06/12/2016: 8-12h - Módulo II
13-17h - Módulo III
07/12/2016: 8-12h - Módulo III
13-17h - Módulo IV
08/12/2016: 8-12h - Módulo V
13-17h - Prática final
09/12/2016: 8-12h - Módulo VI
Professores:
Mód. I - Eduardo Fernandes Formighieri, http://lattes.cnpq.br/7715215673568526
Mód. II - Thaís Ribeiro Santiago, http://lattes.cnpq.br/3153190179798999
Mód. III - Marcelo Soares Sousa, http://lattes.cnpq.br/8094849790426073
Mód. IV - Paulo Khouri, http://paulokhouri.com/
Mód. V - Brenda Neves Porto, http://lattes.cnpq.br/0285161334274624
Mód. VI - Andrei Stecca Steindorff, http://lattes.cnpq.br/3464666284775598
Alunos:
Certificados dos aprovados disponíveis para retirada no LBB (fone 3448-2313).